Makino Tadakuni, daimyō của Nagaoka, ở tỉnh Echigo (ngày nay là tỉnh Niigata, là người ủng hộ Mạc phủ Tokugawa, và từ chối quy thuận triều đình thậm chí sau khi thành Edo thất thủ. Với sự trợ giúp của hai thương gia người Phổ (anh em Edward và Henry Schnell) làm cố vấn quân sự, ông mua hai khẩu súng máy (ngoài ra chỉ có duy nhất một khẩu khác ở Nhật Bản khi đó), 2.000 súng trường Pháp, và nhiều vũ khí khác.

Ngày 4 tháng 5 năm 1868, Nagaoka tham gia Liên minh phương Bắc chống lại triều đình mới. Quân triều đình với mục đích chiếm cảng Niigata để cung cấp vũ khí và binh lính dễ dàng cho chiến dịch chống lại Aizu và Shōnai, hai trung tâm kháng cự chính.

Trong chiến dịch sau đó, lính triều đình thiệt hại nặng nề trên đất liền, đặc biệt là do súng máy của Nagaoka. Cùng lúc đó, một đội đặc công nhỏ đến Nagaoka bằng đường biển, và nổi lửa đốt nó. Thành thất thủ ngày 8 tháng 7 năm 1868. Một hành động thứ yếu diễn ra hai tháng sau đó, khi số quân còn lại của Nagaoka, cùng với binh lính từ Aizu, chiếm lại được thành ngày 10 tháng 9, khiến phe triều đình hoảng loạn. Tuy vậy, bên tấn công cũng chịu thiệt hại nghiêm trọng, bao gồm tư Kawai Tsugunosuke, người bị thương trong trận này và sau đó chết vì chứng hoại thư ở Aizu. Tòa thành bị quân triều đình chiếm lại ngày 15 tháng 9.